6 ноября 2002 года Московской городской Думой был принят закон №56 «Об организации местного самоуправления в городе Москве», который заложил основу правового, организационного, финансового и кадрового обеспечения формирования органов местного самоуправления. В соответствии с Законом в конце 2002 - начале 2003 гг. прошли перерегистрацию 124 из 125 органов местного самоуправления. После перерегистрации исполнительнораспорядительными органами местного самоуправления в соответствии с Законом стали муниципалитеты, а представительными органами местного самоуправления - муниципальные Собрания.
В целях координации деятельности муниципальных образований было принято решение учредить Ассоциацию муниципальных образований города Москвы. 30 декабря 2002 г. инициативная группа из представителей от органов местного самоуправления 11 районов, в которую вошли представители муниципального образования «Аэропорт» САО, муниципального образования «Теплый Стан» ЮЗАО, муниципального образования «Останкинский» СВАО, муниципального образования «Покровское-Стрешнево» СЗАО, муниципального образования «Москвореье-Сабурово» ЮАО, муниципального образования «Гольяново» ВАО, муниципального образования «Выхино-Жулебино» ЮВАО, муниципального образования «Красносельский» ЦАО, муниципального образования «Старое Крюково» ЗелАО, муниципального образования «Филевский парк» ЗАО и муниципального образования «Академический» ЮЗАО, провела первое заседание, на котором все согласились с тем, что необходим координирующий центр для объединения равноправных муниципальных образований.
22 января 2003 г. состоялась Учредительная конференция Ассоциации муниципальных образований города Москвы. На ней присутствовали все 125 представителей и уполномоченных от муниципальных образований города Москвы. На конференции было принято решение создать Ассоциацию муниципальных образований города Москвы в целях развития местного самоуправления, были утверждены Устав Ассоциации, текст Учредительного договора, были избраны руководящие органы Ассоциации - Совет и Ревизионная комиссия. На сегодняшний день в Ассоциацию вошли все 125 муниципальных образований города Москвы с общим количеством жителей 8572,9 тысяч человек. Торжественное подписание Учредительного договора состоялось 14 февраля 2003 г.. 21 мая 2003 г. Ассоциация получила Свидетельство о государственной регистрации юридического лица (ОГРН 1037704022685).
22 марта 2006 г. на IV Конференции Ассоциации муниципальных образований города Москвы в соответствии со ст. 66 Федерального закона от 06.10.2003 № 131-ФЗ «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» и пунктом «б» части 4.4 статьи 4 Устава Ассоциации муниципальных образований города Москвы было принято решение (№ 4 от 22 марта 2006 г.) об изменении наименования Ассоциации муниципальных образований города Москвы на Ассоциация «Совет муниципальных образований города Москвы», утверждении изменений и дополнений в Устав Ассоциации муниципальных образований города Москвы и утверждении изменений и дополнений в Учредительный договор Ассоциации муниципальных образований города Москвы.
